Zatoïchi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients � la clinique. Mais Zatoïchi est � plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger � conditions qu'ils l'aident � se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoïchi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant � libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin…
