A bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoïchi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoïchi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier. Jusqu'au jour où, faisant la connaissance de deux adolescents qui veulent venger leur père tué au cours d'une mystérieuse partie d'échecs, Zatoïchi comprend que Jumonji est un dangereux psychopathe qui élimine les joueurs plus forts que lui…
