<p>80 ans après la première guerre inter-stellaire et la destruction quasi totale de la planète la société s'est recomposée vaille que vaille, allant jusqu'à intégrer les ennemis d'autrefois. Les forces de l'UN spacy veillent sur le système solaire pour prévenir de toute attaque d'éventuelles forces Zentradiennes résiduelles.</p>
<p>Alors que le journaliste Kanzaki Hibiki cherche à décrocher le dernier scoop une mystérieuse flotte extra-terrestre approche de la terre. Les Marduks (puisque ce sont d'eux qu'il s'agit) peuvent contrôler par le biais de chansons les guerriers Zentradiens. Une nouvelle guerre va se déclencher entre ces envahisseurs et les forces de défenses terrestres. Il faudra tout le talent des pilotes de Valkyrie, et en particulier de l'as du pilotage Sylvie Geena.</p>
<p>Alors qu'il couvre les opérations, Hibiki va pénétrer dans un vaisseau ennemi et en ramener une bien étrange jeune fille : Ishtar.</p>