Un peu plus de quatre ans se sont écoulés depuis le premier Ghost in the Shell qui avait vu la fusion de Kusanagi Motoko avec le Puppet Master. Nous suivons, sur une journée, la complexe et mystérieuse entité nomée Motoko Aramaki, un cyborg hyper avancé trenscendant le monde physique et existant aussi bien sur ce celui-ci que dans le monde virtuel du réseau, qui a fusionné avec de multiples autres entités depuis. Elle est responsable de la sécurité anti-terroriste pour une compagnie multinationale nommée Poseïdon Industrial. Aidée par ses nombreuses IA de soutien et pouvant investir ses nombreux corps prothétiques -robots humanoïdes cyber commandé- sa capacité d'intervention dans le monde s'en trouve décuplée. Alors qu'elle mène une enquête sur une attaque terroriste contre une usine -de sa société- de production de porcs transgéniques destinée au marché des transplantations, elle sera amené a croiser la route -virtuelle- de mystérieux pirates informatiques aux capacités hors normes.
Dans le même temps Motoko Aramaki fait également l'objet de l'attention du Bureau japonais des Forces Spirituelles en la personne de l'enquêtrice/médium Tamai Tamaki. Le Bureau s'intéresse aussi un mystérieux "élément complexe" créé par le Pr. Rahampol récemment assassiné. Tous ces éléments semblent converger...
