Shinichi Kudo est un jeune détective de talent qui rend pas mal de services à la police de Tokyo en résolvant des énigmes mystérieuses qui sinon resteraient probablement sur un coin de table. Un jour, sa curiosité l'ayant une nouvelle fois entrainé vers les ennuis, il se retrouve aux prises avec deux hommes en noir qui lui font boire une boisson mortelle. Cependant l'effet sur Shinichi est tout autre et celui-ci se voit rajeunir d'une dizaine d'années. C'est alors dans la peau de Conan Edogawa, que le jeune garçon, confié à Kogoro Mori, le père de la petite amie de Shinichi et detective de seconde zone va continuer à résoudre les énigmes et traquer la mystérieuse organisation dont font parti les hommes en noir...
